Pokud budou benzínová auta jednou něčím nahrazena, pravděpodobně nebudou náhradou vozy na baterie, ale vozy s vodíkovými články. Vozy na vodík jsou taktéž ekologické, při jejich provozu je jediným odpadním produktem voda, ale na rozdíl od baterií trvá jejich tankování srovnatelnou dobu jako u vozů vybavených konvenčními systémy.
Toyota ve vodíkových vozech vidí taktéž budoucnost. I proto hodlá v roce 2015 vypustit první sériový vůz na vodíkový pohon. Chce tak zápasit zejména s Hondou, která již své vodíkové vozy v omezené míře prodává.
Vodíkové vozy jsou v principu elektromobily, u kterých je zdroj energie ukryta v palivových článcích. Baterii tedy využívají jen v malé míře jako vyrovnávací zásobu. Právě palivové články však brání vodíkovým vozům ve větším rozšíření. Jsou totiž zatím velmi drahé.
Toyota však tvrdí, že se ji podařilo přijít na způsob, jak výrobu těchto komponent zásadně zlevnit. Díky tomu by se cena mohla dostat k hranici 50 000 dolarů, tedy v přepočtu kolem jednoho milionu korun. Srovnání nemáme, Honda svůj model FCX Clarity neprodává, pouze pronajímá. Podobně jako Honda, i Toyota by měla svůj vodíkový vůz prodávat prozatím pouze v USA, zejména v Kalifornii, kde je již infrastruktura pro vodíková auta částečně připravena.
Palivový článek byl teoretiky popsán již v roce 1838, tedy v době, kdy Nicolas Otto, který zdokonalil benzínový motor do prakticky dnešní podoby, byl ještě dítětem. První reálně použitelný článek byl však sestrojen až v roce 1959. Fungující články byly vynalezeny už v 19. století, avšak byly drahé a neforemné. Díky tomu byly spolehlivě zatlačeny do pozadí jinými způsoby získávání energie.
Současné palivové články v Hondě FCX využívají dvou elektrod, dvou separátorů a elektrolytu. Vodík je přiveden na anodu, kde s pomocí katalyzátoru dojde k odštěpení elektronu. Dochází k řízenému smísení vodíku se vzdušným kyslíkem, při kterém je elektron z vodíku zapojen do elektrického obvodu a generuje tak elektrický proud. Výsledkem reakce je čistá voda a teplo.
Vodíkové vozy mají pod kapotou nejen palivové články, ale také baterie či superkapacitory. V nich je ukládána energie při brzdění (klasická rekuperace jak ji známe z hybridů i elektromobilů) a fungují také jako vyrovnávací zásoba.
Problémem nasazení vodíkových článků je také nedostatek míst, kde by bylo možné tankovat vodík. Přestože vybudování infrastruktury není principiálně o tolik náročnější než u budování infrastruktury pro LPG, pohybujeme se v bludném kruhu, kde majitelé čerpacích stanic nechtějí investovat do nejisté technologie a zákazníci nebudou chtít kupovat vozy, které není kde tankovat. Česká republika je navíc jednou ze šťastnějších zemí, jedna čerpací stanice na vodík se totiž nachází u Neratovic.