Na to, že je Honda CR-Z karoserií jasný sporťák, nenabízí zrovna excelentní výkon, který dosahuje 125 koní. Mugenu se to pravděpodobně také nezdálo.
Pustil se proto do úpravy komplikovaného systému hybridního pohonu. Motor byl doplněn o kompresor, který přidal tolik žádaný výkon na finální hodnotu 200 koní. Čas potřebný ke zrychlení na stovku se tak smrskl o třetinu, z 9,9 sekundy spadl na 6,6. To je stejná hodnota jako u Hondy Civic Type R se stejným výkonem. Ten však neokouzlí spotřebou 5 l/100 km.
Úpravy byly provedeny jak na spalovacím motoru, tak i na elektromotoru, díky čemuž má vzrůst i točivý moment, zejména v nižších otáčkách.
Pro lepší jízdní zážitky byl vůz i trochu odlehčen, několik kilo spadlo například instalací karbonových dílů. Upraven byl podvozek, brzdy jsou silnější. Zkrátka Mugen CR-Z je připraven na ostřejší jízdu.